Centrum Odwykowe powołano do życia uchwałą Rady Dzielnicy Praga Południe w Warszawie z dnia 7 marca 1991 roku w oparciu o art. 1 ust. 1 ustawy z 26. 10. 1982 r o wychowaniu w trzeźwości i przeciwdziałaniu alkoholizmowi. Według uchwały Centrum Odwykowe powinno podjąć działania w zakresie:
- profilaktyki, leczenia i rehabilitacji realizowane przez wyspecjalizowany zespół oddziałów: detoksykacyjnego, terapeutycznego i rehabilitacyjnego,
- współpracę z innymi jednostkami rzeczowo właściwymi oraz organizacjami społecznymi, w celu przeciwdziałania społecznym skutkom alkoholizmu,
- pomoc socjalną dla rodzin osób uzależnionych od alkoholu.
Centrum Odwykowe w chwili powołania wchodziło w skład Zespołu Opieki Zdrowotnej Warszawa Praga – Południe i powstało na bazie historycznej Poradni Alkoholowej. W skład Centrum Odwykowego wszedł lokal przy Poradni Zdrowia przy ul. Grochowskiej 339 o powierzchni 177 m2 kwadratowych, budynek zlokalizowany przy ul. Zakopiańskiej 33 o powierzchni 98m2 oraz pomieszczenie przy ul. Afrykańskiej 3 o powierzchni 75m2. W pomieszczeniach tych odpowiednio mieściły się oddział detoksykacyjny, poradnia uzależnień i oddział dzienny.
W roku 1993 zgodnie z ustaleniami zawartymi między ZOZ Praga – Południe, Urzędem Wojewódzkim i Urzędem Gminy Praga Południe, Centrum Odwykowe zostało wyłączone ze struktur ZOZ Praga Południe. Od tego momentu na podstawie uchwały Rady Dzielnicy – Gminy Warszawa Praga – Południe nadzór merytoryczny nad działaniem Centrum Odwykowego sprawuje Rada Nadzorcza. W skład Rady wchodzą: Burmistrz Dzielnicy Praga Południe lub osoba przez niego wyznaczona, będąca przewodniczącym Rady, oraz jako członkowie – przedstawiciel wojewody i trzy osoby wyłonione przez Radę Dzielnicy, w tym co najmniej jeden radny.
W 1994 w wyniku Uchwały Zarządu Dzielnicy – Gminy Warszawa Praga Południe Centrum Odwykowe zostało administratorem budynku przy ul. Zgierskiej 18a o pow. użytkowej 480m2 stojącego na działce o powierzchni 1200m2. Na ulicę Zgierską przeniesiony został Oddział Dzienny dla uzależnionych z ul. Afrykańskiej, a lokal oddany został do dyspozycji miejscowej administracji. W budynku przy ul. Zgierskiej miejsce znalazły Poradnia dla Współuzależnionych oraz Poradnia Profilaktyczno – Terapeutyczna dla Dzieci i Młodzieży z Rodzin z Problemem Alkoholowym.
W 1998 roku przepisy wprowadzające ustawę o powszechnym ubezpieczeniu zdrowotnym wymusiły na zakładach opieki zdrowotnej uzyskanie osobowości prawnej i usamodzielnienie. Od tego czasu nazwa zakładu zmieniła się na : Centrum Odwykowe Samodzielny Publiczny Zakład Opieki Zdrowotnej. Ustawa o Powszechnym Ubezpieczeniu Zdrowotnym weszła w życie od stycznia 1999 roku i zmieniła system finansowania usług medycznych. Od tego czasu skończył się okres finansowania przez budżet, zastąpiony kontraktacją usług z Kasą Chorych. Zmiana systemu finansowania wymusiła na Centrum Odwykowym wniosek do Wojewody Mazowieckiego o zlikwidowanie nierentownego Oddziału Detoksykacyjnego. Nie objęta systemem kontraktacji Poradnia dla Dzieci i Młodzieży również skończyła swoją działalność. Poradnie leczenia uzależnienia i współuzależnienia zamieniły lokalizację i od 2003 roku znajdują się:
- Poradnia Odwykowa – Zgierska 18a
- Dzienny Oddział Odwykowy – Zgierska 18a
- Poradnia Rodzinna dla osób współuzależnionych – Zakopiańska 33
Od pierwszej połowy roku 2008 na mocy Uchwały Rady Miasta Stołecznego Warszawa z dnia 06.12.2007 włączono do struktur Centrum Odwykowego Ośrodek Profilaktyczno – Terapeutyczny „PETRA”, który stał się kolejną jednostką organizacyjną Centrum Odwykowego.